Parrocchia della diocesi di Como. Dagli atti della visita pastorale compiuta nel 1781 dal vescovo Giambattista Mugiasca nella pieve di Uggiate, Santa Margherita di Camnago risulta essere stata eretta nel 1771 dallo stesso Mugiasca, con territorio smembrato dalla prepositura di Uggiate. Nel 1788 la nomina del titolare del beneficio era di libera collazione. Il numero dei parrocchiani era di 217. Entro i confini della parrocchia di Santa Margherita esisteva l'oratorio di Santa Maria Maddalena in Bernasca di patronato Lambertenghi. Santa Margherita di Camnago risulta parrocchia nel vicariato e pieve di Uggiate anche nel 1794. Nel 1894, anno della visita pastorale del vescovo Andrea Ferrari nella pieve di Uggiate, entro i confini della parrocchia di Santa Margherita esisteva l'oratorio di Santa Maria Maddalena in Bernasca di proprietà Bonanomi. Nella parrocchia era istituita la confraternita del Santissimo Sacramento. Il numero dei parrocchiani era di 432. Nel corso del XX secolo la parrocchia di Santa Margherita di Camnago Faloppia è sempre stata compresa nel vicariato foraneo di Uggiate fino al decreto 29 gennaio 1968, in seguito al quale fu assegnata alla zona pastorale III delle Prealpi e al vicariato di Uggiate; con il decreto 10 aprile 1984 è stata inclusa nel vicariato delle Prealpi.
Notizie tratte da: "Civita, Le istituzione storiche del territorio lombardo, le istituzioni ecclesiastiche - XIII - XX secolo, Diocesi di Milano", Regione Lombardia, Culture, Identità ed Autonomie della Lombardia, Università degli Studi di Pavia, Dipartimento di scienze storiche e geografiche "Carlo M. Cipolla", Arcidiocesi di Milano, Archivio storico diocesano, Milano, marzo 2002.
