I documenti più antichi riguardanti il territorio di Faloppio si trovano negli archivi parrocchiali e risalgono al XV secolo;
si tratta prevalentemente di inventari relativi alla Pieve di Uggiate stilati allo scopo di descrivere minuziosamente il patrimonio ecclesiastico; qui per la prima volta si incontrano i toponimi di Gaggino, Camnago e Bernasca.
Analoghi riferimenti si trovano nei registri della parrocchia di Uggiate risalenti al XVI secolo, sui quali sono annotati battesimi, matrimoni e funerali. In un interessante documento del 1614 si fa menzione dei confini esistenti nella Pieve di Uggiate e si attesta che "il luogo e il comune di Gagino ha fuochi (famiglie) numero 22 et confina co' li territori di Ugiate, Trevano, Albiolo et Olgiate. Il comune e luogo di Canago ha fuochi numero 8 et confina co' li territori di Trevano, Gagino, Parè et Gironico e in parte Olgiate".
Il documento più antico presente negli archivi comunali è un atto notarile del 1745.
In questo e in altri atti notarili del XVIII secolo si possono già individuare i nuclei familiari su cui si sviluppò il borgo: in primo luogo i Bernasconi, i Ronchini, i Marazzi, i Piatti, successivamente i Pellegrini, i Luraschi, i Mombelli e i Ghielmetti.
Del 1722 è l'ultimazione delle mappe catastali di Gaggino e Camnago nelle quali è possibile rilevare il numero dei fabbricati, il nome dei possessori, la presenza di chiese e cappelle e il numero dei mulini. La documentazione relativa al XIX secolo consta di alcune lettere, circolari e ordini del giorno dei Consigli Comunali che forniscono un quadro generale della storia del paese, all'interno delle complesse vicende che caratterizzarono l'indipendenza e l'unificazione italiana.
Accanto infatti a documenti che riguardano problemi contingenti della quotidianità comunale (il restauro della chiesa, la nomina dei maestri, la costruzione del cimitero, la sitemazione delle strade, la manutenzione degli edifici ecc.) si trovano notizie inerenti la leva militare, l'istituzione delle scuole, la compilazione delle liste elettorali, l'adozione del sistema metrico decimale ecc.
Il Comune di Faloppio nasce ufficialmente a seguito del Regio Decreto n. 825 del 29 marzo 1928 con cui si stabiliva che "I comuni di Gaggino e di Camnago Faloppia, in provincia di Como, sono riuniti in un unico Comune denominato , con capoluogo Gaggino".
